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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Unité de Recherches Avicoles

Activités de recherche de l'équipe Adaptation, Qualité et Sélection AQSel

Activités de recherche de l'équipe Adaptation, Qualité et Sélection AQSel
© Inra
L’objectif général de l’équipe est de contribuer à l’amélioration de la durabilité des productions avicoles par la sélection d’animaux résilients face à des conditions changeantes et parfois peu favorables, tout en maintenant un niveau de production quantitatif et qualitatif satisfaisant.

Animatrice de l'équipe : Sandrine Mignon-Grasteau

Objectifs généraux :

L’objectif général de l’équipe est de contribuer à l’amélioration de la durabilité des productions avicoles par la sélection d’animaux résilients face à des conditions changeantes et parfois peu favorables (notamment alimentaires), tout en maintenant un niveau de production quantitatif et qualitatif satisfaisant (principalement la croissance et la qualité de la viande). Ceci implique une meilleure prise en compte dans les schémas de sélection avicoles de l’équilibre entre production et capacités d’adaptation des animaux. Notre démarche s’étend des études de génétique quantitative de nouveaux caractères à l’identification des gènes et mutations responsables de la variabilité entre individus.

Thématiques :

Mangeoire automatique

Mangeoire automatique (© Inra)

- Recherche de nouveaux phénotypes :
Nos travaux comprennent une première étape d’identification de nouveaux critères permettant d’évaluer la capacité des animaux à s’adapter à leur environnement et à produire une viande de qualité. Nous cherchons d’une part à automatiser les mesures dans un environnement proche de celui dans lequel vivent les animaux et d’autre part à identifier des biomarqueurs non invasifs de qualité et d’efficacité.

Identification de gènes

- Identification des gènes et mutations :
Afin d’identifier les gènes et les mutations responsables des phénotypes que nous étudions, nous combinons les approches de génomique positionnelle (QTL, e-QTL, genome-wide sequencing), génomique expressionnelle (RNA-seq, fluidigm), protéomique et métabolomique.

Performance production avicole durable

- La génétique, outil de développement d’une production avicole durable :
Nos travaux incluent une évaluation multicritère des effets de la sélection de nouveaux caractères, permettant une meilleure connaissance des relations entre fonctions (par exemple entre production et reproduction, santé ou bien-être), des interactions avec les conditions d’élevage et donc une meilleure prédiction de l’impact attendu de la sélection sur la durabilité de la filière.

Les projets en cours :

Partenaires ALISE-AQSEL

- H2020 UE PPILOW 2019-2024 : Poultry and Pig Low-Input and Organic production systems Welfare
- CASDAR/RT CHICK’TIP, 2018-2021: Early monitoring the quality of chicken for more sustainable poultry production.
- AGENAVI BMW, 2018-2019 : Breast Muscle Wave : Evaluation of the contribution of medical imaging for the in vivo prediction of the chicken breast defect.
- GISA CecoType 2018-2019 : Intensive genomic and phenotypic characterization of Enterococcus cecorum isolates responsible for skeletal disorders in fast growing broilers.
- INRA EtCETra 2017-2018 : Etude d'une Cinétique expressionnelle du tractus digestif chez le poulet de chair
- CASDAR Vocalim, 2016-2019 : “Multi-performance poultry production systems relying on local raw materials”
- H2020 UE - FEED-A-GENE, 2015-2020 : Adapting the feed, the animal and the feeding techniques to improve the efficiency and sustainability of monogastric livestock production systems.
- CASDAR - EVaHD, 2015-2019 : Améliorer l’efficacité et le pilotage alimentaire des volailles grâce à un système d’enregistrement individuel à haut-débit de la consommation, du comportement alimentaire et du poids des animaux.

Publications majeures :

Aurélien Brionne, Amélie Juanchich, Christelle Hennequet-Antier (2019). “ViSEAGO: Easier data mining of biological functions organized into clusters using Gene Ontology and semantic similarity.” BMC BioData Mining. (DOI: 10.18129/B9.bioc.ViSEAGO).

Allais, S, Hennequet-Antier, C, Berri, C, Salles, L, Demeure, O, Le Bihan-Duval, E. Mapping of QTL for chicken body weight, carcass composition, and meat, quality traits in a slow-growing line. POULTRY SCIENCE, 2019, 98(5) :1960-1967, DOI 10.3382/ps/pey549.

Beauclercq, S, Lefevre, A, Nadal-Desbarats, L, Germain, K, Praud, C, Emond, P, Le Bihan-Duval, E, Mignon-Grasteau, S. Does lipidomic serum analysis support the assessment of digestive, efficiency in chickens? POULTRY SCIENCE, 2019 98(3):1425-1431, DOI 10.3382/ps/pey483.

Juanchich, A, Hennequet-Antier, C, Cabau, C, Le Bihan-Duval, E, Duclos, MJ, Mignon-Grasteau, S, Narcy, A. Functional genomics of the digestive tract in broilers. BMC GENOMICS, 2018 19:928, DOI 10.1186/s12864-018-5344-z.

Beauclercq, S, Nadal-Desbarats, L, Hennequet-Antier, C, Gabriel, I, Tesseraud, S, Calenge, F, Le Bihan-Duval, E, Mignon-Grasteau, S. Relationships between digestive efficiency and metabolomic profiles of, serum and intestinal contents in chickens. SCIENTIFIC REPORTS, 2018 8:6678, DOI 10.1038/s41598-018-24978-9.

Le Bihan-Duval, E, Hennequet-Antier, C, Berri, C, Beauclercq, SA, Bourin, MC, Boulay, M, Demeure, O, Boitard, S. Identification of genomic regions and candidate genes for chicken meat, ultimate pH by combined detection of selection signatures and QTL. BMC GENOMICS, 2018 19:294, DOI 10.1186/s12864-018-4690-1.

Pampouille, E, Berri, C, Boitard, S, Hennequet-Antier, C, Beauclercq, SA, Godet, E, Praud, C, Jego, Y, Le Bihan-Duval, E. Mapping QTL for white striping in relation to breast muscle yield and, meat quality traits in broiler chickens. BMC GENOMICS, 2018 19:202, DOI 10.1186/s12864-018-4598-9

Beauclercq, S, Hennequet-Antier, C, Praud, C, Godet, E, Collin, A, Tesseraud, S, Metayer-Coustard, S, Bourin, M, Moroldo, M, Martins, F, Lagarrigue, S, Le Bihan-Duval, E, Berri, C. Muscle transcriptome analysis reveals molecular pathways and biomarkers, involved in extreme ultimate pH and meat defect occurrence in chicken. SCIENTIFIC REPORTS, 2017 7:6447, DOI 10.1038/s41598-017-06511-6.

Alnahhas, N, Berri, C, Chabault-Dhuit, M, Bourin, M, Arnould, C, Le Bihan-Duval, E. Combined effect of divergent selection for breast muscle ultimate pH and, dietary amino acids on chicken performance, physical activity and meat, quality. ANIMAL, 2017 11(2):335-344, DOI 10.1017/S1751731116001580.

Le Bihan-Duval, E, Berri, C. Genetics and Genomics for Improving Poultry Meat Quality. POULTRY QUALITY EVALUATION: QUALITY ATTRIBUTES AND CONSUMER VALUES SE Woodhead Publishing Series in Food Science Technology and Nutrition, 2017, 199-220, DOI 10.1016/B978-0-08-100763-1.00008-8.

Mignon-Grasteau, S, Chantry-Darmon, C, Boscher, MY, Sellier, N, Le Bihan-Duval, E, Bertin, A. Genetic Determinism of Fearfulness, General Activity and Feeding, Behavior in Chickens and Its Relationship with Digestive Efficiency. BEHAVIOR GENETICS, 2017 47 IS 1 BP 114 EP 124, DOI 10.1007/s10519-016-9807-1.

Phocas, F, Belloc, C, Bidanel, J, Delaby, L, Dourmad, JY, Dumont, B, Ezanno, P, Fortun-Lamothe, L, Foucras, G, Frappat, B, Gonzalez-Garcia, E, Hazard, D, Larzul, C, Lubac, S, Mignon-Grasteau, S, Moreno, CR, Tixier-Boichard, M, Brochard, M. Review: Towards the agroecological management of ruminants, pigs and, poultry through the development of sustainable breeding programmes:, I-selection goals and criteria. ANIMAL, 2016 10(11):1749-1759, DOI 10.1017/S1751731116000926.

Loyau, T, Zerjal, T, Rodenburg, TB, Fablet, J, Tixier-Boichard, M, Pinard-van der Laan, MH, Mignon-Grasteau, S. Heritability of body surface temperature in hens estimated by infrared, thermography at normal or hot temperatures and genetic correlations with, egg and feather quality. ANIMAL, 2016 10(10):1594-1601, DOI 10.1017/S1751731116000616.

Alnahhas, N, Berri, C, Chabault, M, Chartrin, P, Boulay, M, Bourin, MC, Le Bihan-Duval, E. Genetic parameters of white striping in relation to body weight, carcass, composition, and meat quality traits in two broiler lines divergently, selected for the ultimate pH of the pectoralis major muscle. BMC GENETICS, 2016 17:61, DOI 10.1186/s12863-016-0369-2.

Beauclercq, S, Nadal-Desbarats, L, Hennequet-Antier, C, Collin, A, Tesseraud, S, Bourin, M, Le Bihan-Duval, E, Berri, C. Serum and Muscle Metabolomics for the Prediction of Ultimate pH, a Key, Factor for Chicken-Meat Quality. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, 2016 15(4):1168-1178, DOI 10.1021/acs.jproteome.5601050.