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La classification des agents biologiques pathogènes humains (bactéries, virus, parasites, champignons) est présentée dans les arrêtés du 18 juillet 1994, du 17 avril 1997 et du 30 juin 1998. Elle ne vise que les micro-organismes qui constituent ou peuvent constituer un danger pour la santé humaine. Elle est divisée en 4 groupes :

• le groupe 1 comprend les agents biologiques non susceptibles de provoquer une maladie chez l’homme
• le groupe 2 comprend les agents biologiques pouvant provoquer une maladie chez l’homme et constituer un danger pour les travailleurs ; leur propagation dans la collectivité est peu probable ; il existe généralement une prophylaxie ou un traitement efficaces
• le groupe 3 comprend les agents biologiques pouvant provoquer une maladie grave chez l’homme et constituer un danger sérieux pour les travailleurs ; leur propagation dans la collectivité est possible, mais il existe généralement une prophylaxie ou un traitement efficace
• le groupe 4 comprend les agents biologiques qui provoquent des maladies graves chez l’homme et constituent un danger sérieux pour les travailleurs ; le risque de propagation dans la collectivité est élevé ; il n’existe généralement ni prophylaxie ni traitement efficace.

La classification des agents biologiques pathogènes des animaux est présentée dans le manuel du HCB pour l'utilisation confinée d'organismes génétiquement modifiés du 15 mai 2013. Elle est divisée en 3 classes :

• Classe Ea1 : microorganismes qui peuvent provoquer des maladies chez les animaux et qui présentent à des degrés divers les caractéristiques suivantes : importance géographique limitée, transmissibilité interespèce faible ou nulle, vecteurs ou porteurs inexistants. L'incidence économique et/ou médicale est limitée. Ils ne nécessitent normalement pas de mesures particulières de confinement. Il existe habituellement une prophylaxie et/ou un traitement efficace
• Classe Ea2 : microorganismes qui provoquent des épizooties graves chez les animaux. La diffusion interespèce peut être importante. Cela nécessite de mettre en oeuvre des réglementations sanitaires pour les espèces répertoriées par les autorités de chaque pays concerné. Une prophylaxie médicale ou des réglementations sanitaires existent
• Classe Ea3 : microorganismes qui provoquent des panzooties ou des épizooties extrêmement graves chez les animaux avec un taux de mortalité élevé et éventuellement des conséquences économiques dramatiques dans les zones d'élevage atteintes. En général, il n'existe pas de traitement prophylactique médical connu ; une politique de confinement, rendu obligatoire si nécessaire, est la seule mesure possible.