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Unité de Recherches Avicoles

Unité de Recherches Avicoles

Activités de recherche

1- Contexte et objectifs

L'objectif de l’équipe est l'étude génétique de nouveaux critères permettant d’améliorer la qualité des produits (œufs et viande) tout en augmentant les capacités d’adaptation des animaux aux conditions d'élevage et d'abattage. Notre démarche va de la génétique quantitative à l'identification, en collaboration, des gènes impliqués.

Nos études sur la qualité englobent la qualité sensorielle et technologique de la viande et la qualité sanitaire des œufs en lien avec la résistance génétique des poules au portage de bactéries pathogènes (en particulier les Salmonelles). La maîtrise de ces caractéristiques contribue à augmenter la compétitivité des filières de production (en s’adaptant aux nouvelles demandes du marché et en réduisant les coûts de prévention ou de traitement des animaux) tout en répondant aux exigences de qualité et de sécurité alimentaire des consommateurs.

Dans un contexte de diversification des pratiques d’élevage, l’adaptation des animaux est également une composante centrale de la durabilité des élevages avicoles. Les études d’interaction Génotype x Environnement conduites dans l’équipe permettent de faire évoluer les milieux de sélection et de production et d’évaluer les possibilités d’amélioration génétique des caractères d’adaptation. Un axe central de l’équipe concerne l’aptitude génétique des animaux à digérer, pour favoriser l’utilisation d’aliments alternatifs (moins en compétition avec l’homme) et limiter l’impact négatif de l’élevage sur l’environnement. Ainsi, l’équipe a coordonné le programme ANR CHIEF sur la recherche des régions génomiques contrôlant l’efficacité digestive et les caractères associés (en termes d’anatomie, de comportement, etc.) chez le poulet. Par ailleurs, les études menées en collaboration sur les caractères de comportement et les réponses au stress visent à rechercher des modes d’amélioration du bien-être animal par une plus grande considération en sélection des capacités d’adaptation. C’est dans ce cadre que l’équipe participe au programme ANR SNP-BB sur la recherche des régions génomiques contrôlant les comportements sociaux et la réactivité émotionnelle chez la caille japonaise en relation avec les caractères de production.

 

2- Activités et compétences

L'approche retenue va de la caractérisation de la variabilité génétique présente dans les populations à l’identification des régions QTL puis des gènes impliqués. Elle implique l’étude ou la sélection de génotypes originaux, et l'estimation de la variabilité génétique avec des méthodes statistiques appropriées, la mise en place et l'analyse des dispositifs expérimentaux pour l’identification des QTL puis des gènes par des approches de génomique positionnelle et expressionnelle. Disposant déjà de lignées divergentes pour la croissance, la composition corporelle ou la reproduction, ainsi que de lignées consanguines résistantes ou sensibles au portage de salmonelles, l’équipe s’est aussi investie dans la sélection de nouveaux génotypes originaux divergents pour la capacité à digérer le blé ou pour la qualité technologique de la viande. Ces lignées expérimentales sont régulièrement mises à profit pour évaluer puis modéliser les interactions entre génotype et environnement, en particulier avec l’alimentation pour l’efficacité digestive mais aussi la qualité de la viande. En parallèle, des travaux de modélisation de la propagation des salmonelles dans un troupeau de poules pondeuses ont été développés, afin de préciser l’importance des synergies entre résistance génétique et vaccination et de comparer l’efficacité de différents schémas d’utilisation de lignées résistantes.

L’équipe développe aujourd’hui des études génomiques pour plusieurs caractères d’intérêt : résistance génétique au portage de Salmonelles, qualité de la viande, capacité de digestion du blé en relation avec les rejets. Les stratégies mises en œuvre visent à identifier les gènes et si possible des polymorphismes utilisables en sélection, tout en contribuant à évaluer l’intérêt d’approches généralistes telles que la Sélection Assistée par Marqueurs et à terme la Sélection Génomique.

 

3- Résultats

Plusieurs résultats essentiels ont été obtenus par l’équipe en collaboration avec les départements PHASE ou SA de l’INRA et des partenaires professionnels comme le SYSAAF ou l’ITAVI :

  • Forte héritabilité de la capacité de digestion du blé et des paramètres de rejets en relation avec l’anatomie des animaux,
  • Fortes héritabilités des caractères de composition corporelle et de qualité de la viande contrôlée en partie par le comportement à l’abattage chez le poulet de type Label,
  • Identification de QTL de qualité de la viande chez le poulet et dépôt du brevet « Marqueurs génétiques pour la coloration de la viande »,
  • Identification de QTL contrôlant la résistance génétique de la Poule au portage des salmonelles.