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INRA - Unité Physiologie de la Reproduction et des Comportements Nouzilly

UMR Physiologie Reproduction Comportements

Plasticité Génomique et Expression Phénotypique (PGEP)

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  • Légende de l'image bleue : Agrégats cytoplasmique de transposase mariner surexprimée dans des cellules HeLa
  • Légende de l'image à fond blanc : Logo de la séquence consensus des intéines s'intégrant dans le site Pol1 des ADN polymérases de phycodnavirus
© Yves Bigot

Animateur de l'équipe

Yves Bigot

Objectifs généraux

Le projet scientifique de l’équipe est organisé autour  de deux objectifs. Le premier est d’identifier les éléments génétiques mobiles (EGMs) capables de transposer et de modifier l’expression géniques lors de reprogrammations chromatiniennes. Le second est de vérifier si les mécanismes épigénétiques régulant l’activité des EGMs dans les autres modèles animaux sont présents chez les oiseaux.
Ces objectifs nécessitent d’utiliser des modèles aviaires dont la variabilité génétique soit aussi faible que possible. Ainsi, un de nos objectifs techniques de notre projet est de tenter d’obtenir une lignée aviaire produisant des parthénotes mâles, c.a.d. des individus très consanguins avec une variabilité génétique proche de celle de jumeaux vrais chez les mammifères.
Nos objectifs nous conduisent à analyser des séquences génomiques (ex: annotations des EGMs). Pour cela, l'équipe a déployé une grappe de calcul permettant d'utiliser les outils génomiques de façon parallélisés (72 processeurs utilisables). Cela nous conduit également à développer des outils spécifiques à nos problématiques (ex : analyse des sites d'insertions des EGMs à partir de données NGS).

Enjeux socio-économiques

La finalité de nos activités de recherche est d’identifier le ou les EGMs qui sont activés dans les espèces animales lors de certains processus de différenciation cellulaires, gamétogenèse et spermatogenèse, ou à la suite de stress ou de traitements.
Des exploitations possibles des résultats de notre projet pourront être :

  • l’établissement de marqueurs permettant de suivre et de quantifier la génotoxicité d’un traitement ou d’un stress sur ces animaux,
  • la définition des bases génétiques d’une production unisexuée d’oiseaux par parthénogenèse.

Publications majeures récentes

Rebourcet D., O'Shaughnessy PJ., Pitetti JL., Monteiro A., O'Hara L., Milne L., Tsai YT., Cruickshanks L., Riethmacher D., Guillou F., Mitchell RT., van't Hof R., Freeman TC., Nef S., Smith LB. 2014. Sertoli cells control peritubular myoid cell fate and support adult Leydig cell development in the prepubertal testis. Development. 141:2139-2149. doi: 10.1242/dev.107029.

Bire S., Casteret S., Arnaoty A., Piégu B., Lecomte T., Bigot Y. 2013. Transposase concentration controls transposition activity: myth or reality? Gene. 530:165-171. doi: 10.1016/j.gene.2013.08.039

Fumel B., Roy S., Fouchécourt S., Livera G., Parent AS., Casas F., Guillou F. 2013. Depletion of the p43 mitochondrial T3 receptor increases Sertoli cell proliferation in mice. PLoS One. Sep 9;8(9):e74015. doi: 10.1371/journal.pone.0074015.

Bire S., Ley D., Casteret S., Mermod N., Bigot Y., Rouleux-Bonnin F. 2013. Optimization of the piggyBac transposon using mRNA and insulators: toward a more reliable gene delivery system.PLoS One 8:e82559. doi: 10.1371/journal.pone.0082559.

Arnaoty A., Gouilleux-Gruart V., Casteret S., Pitard B, Bigot Y., Lecomte T. 2013. Reliability of the nanopheres-DNA immunization technology to produce polyclonal antibodies directed against human neogenic proteins. Mol Genet Genomics. 288:347-363. doi: 10.1007/s00438-013-0754-8.

Actions de valorisation récentes

Brevet d'invention français n°1457396 CNRS (2014) Système de ciblage de vecteurs intégratifs non-viraux dans les séquences d’ADN nucléolaires chez les eucaryotes.
Inventeurs : Casteret S., Carpentier G., Piègu B., Bigot Y. 2014. Ciblage de vecteurs intégratifs non-viraux. Demande Européen et extensions PCT N°EP2015/067472.

Palazzoli F., Bire S., Bigot Y., Bonnin-Rouleux F. 2011. Landscape of chromatin control element patents: positioning effects in pharmaceutical bioproduction. Nat Biotechnol. 2:593-597. doi: 10.1038/nbt.1907.

Membres de l'équipe

Les membres de l'équipe "Plasticité Génomique et Expression Phénotypique" sont :
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Résultats de l'équipe

Les dernières publications des chercheurs de l'équipe sont :
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Journée Thématique "Information grise et pilotage des projets de recherche en Sciences de la Vie" - le 11 mai 2012

Exploitation de l'information grise dans la conception et le pilotage des projets de recherche en sciences de la vie : boîtes à outils et exemples...
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